L’occupation du site est très ancienne, comme en témoignent les vestiges archéologiques retrouvés sur son territoire, dont la déesse-mère de Saint-Aubin-sur-Mer.
Une fortification existait au lieu-dit « le Castel ». Sur ordre du roi Charles V, le bailli de Caen la fit réparer en 1371 pour la mettre en état de résister aux attaques des Anglais.
Jusqu’en juillet 1851, Saint-Aubin faisait partie de la commune de Langrune-sur-Mer.
À l’époque de sa création, on recensait 1 153 habitants à Saint-Aubin et 1 129 à Langrune. Puis la population de Saint-Aubin a décliné dans la deuxième partie du XIXe siècle ; en 1901, il n’y avait plus que 727 habitants. En juillet 1876, l’ouverture de la gare de Saint-Aubin-sur-Mer sur la ligne de Caen à la mer permit le développement d’une station balnéaire.
À partir de 1901, l’évolution démographique se fit à nouveau positive ; en un siècle, la population a plus que doublé.
L’histoire de Saint-Aubin réside aussi dans ses détails architecturaux.
Au détour d’une promenade, on s’engouffre dans les venelles, ces passages étroits qui servaient à faire sécher les filets des pêcheurs. Ces ruelles permettaient au vent de s’y engouffrer librement tout en protégeant les habitants des tempêtes. C’est dans ce dédale que se murmuraient autrefois les nouvelles du large, loin de l’agitation des grandes villas qui ont fleuri au XIXe siècle.
Cette époque dorée a d’ailleurs forgé la réputation prestigieuse de la station, surnommée la Reine de l’Iode.
Dès le milieu du siècle, on vient de loin pour s’immerger dans une eau réputée pour ses vertus thérapeutiques exceptionnelles. Les médecins de l’époque vantaient cet air chargé de sel et d’embruns, idéal pour soigner les citadins fatigués.
Certaines demeures cachent encore des anecdotes insolites, comme ces bâtisses appartenant autrefois à des propriétaires parisiens qui y envoyaient leurs pensionnaires se refaire une santé au grand air normand.
